QSAR et nomenclature

[Krix]

ATTENTION : Ceci est une copie d'un thread vulgarisant sur Psychoactif le 08 novembre 2021 à  15:28 par moi. Voulant partager l'information au plus grand monde, je me permets de faire un copier-coller de ce dernier, étant l'auteur original.

Préambule​

La Q.S.A.R ça veut dire en français la relation quantitative entre la structure et l'activité d'une molécule.

Si je vous montre cette image :

Une fois que vous aurez lu les deux-trois chapitres de ce blog, vous devriez pouvoir dire quelle est la molécule et surtout estimer sa puissance voir des détails comme sa solubilité.

Par exemple :

Prenons les benzodiazépines, déjà parce qu'elles sont moins complexe à comprendre que les opioïdes et parce qu'elles sont extrêmement bien documentées et étudiées (et un petit peu parce que mon mémoire de médecine portait dessus lol).

Le sommaire du blog à venir :

Préambule : La présentation du blog

Chapitre 1 : Le vocabulaire important (= Vulgarisation et explication des mots-clés en chimie organique)

Chapitre 2 : Comment on représente une molécule.

Chapitre 3 : Quelles sont les indices qui permettent d'estimer sa puissance.

Résumé : Quelques exemples


Pour finir avec le préambule, je vous illustre l'idée :

Les benzodiazépines sont rarement soluble dans l'eau, c'est assez embêtant, surtout en hôpitaux. Le midazolam, cependant, a une bonne solubilité.

Pourquoi ? Voici sa nomenclature :

Il y a un cycle imidazole, "à la différence du cycle
diazépine classique, est relativement basique : le nitrogène en
position 2 du midazolam a un pKa de 6,15 ± 0,1. Cette basicité
permet la préparation de sels qui peuvent être formés avec
l’acide chlorhydrique, maléique ou lactique. Ils sont solubles
et très stables dans l’eau à un pH ≤ 4".

Référence :
http://dx.doi.org/10.1051/mbcb/2012029

Chapitre 1 le vocabulaire en chimie​

Pour commencer on va lister les mots clés pertinents à retenir. En vrai y en a pas tant que ça mais on verra après pourquoi c'est important.

- Réactions (en anglais souvent abrégé par Rx) : il y en a pleiiiiiiin, prenons la réaction oxydative, c'est quand vos pommes s'oxyde à l'air libre. La codéine subit une réaction de déméthylation par exemple pour être métabolisé en morphine (la codéine son vrai nom c'est méthylmorphine).

- Molécules : ce sont des ensembles d'atomes.

- Groupes fonctionnels : ce sont des liaisons d'atomes qui vont permettre d'ajuster l'activité ou la puissance d'une drogue.

- nomenclature : comment on rédige une molécule ou on l'a représente.

- noyau ou cycle : chaîne d'atomes qui forme un cycle, qui se ferme.

- polaire apolaire VS protique aprotique (Important a distinguer car par exemple sur psychonautwiki le tutoriel pour extraire le kratom ils se sont trompés en inversant apolaire au lieu de aprotique pour le solvant)

 

[Krix]

Chapitre 2 Comment on représente une molécule​

Pour représenter les molécules, on parle de nomenclature, c'est à dire la ou les manières de rédiger par exemple la molécule du diazépam (le Valium).

Pour comprendre une molécule, il faut connaître sa structure minimale qui caractérise sa catégorie, les benzo' sont des calmants. Il faut un cycle benzène fusionné à un cycle diazépine.

   Quand vous voyez 1,4-diazépam ou 1,4 benzodiazépines, c'est parce que la plupart des benzo' ont leurs deux atomes d'azote N en position 1 et 4.

Ok, mais c'est quoi un cycle ?

   On gardera l'exemple des benzodiazépines tout du long.

Un cycle par exemple pour le cycle benzène c'est une chaîne d'atome de carbone, on peut dire que c'est un noyau.

Sur l'image ci-dessous, le cycle benzène est à gauche c'est l'hexagone, il y a 6 coins pour dire qu'il y a six atomes de carbone noté toujours C. le cycle diazépine est à droite, il y a 7 coins, on voit deux atomes d'azote noté toujours N.

Ça veut donc dire que le squelette d'une benzodiazépines se note C9H8N2. Parce qu'on peut compter 9 atomes de carbones et deux atomes d'azote.

Que fou le H dans cette histoire ?

C'est pour Hydrogène, chaque coin a un atome d'hydrogène que l'on s'embête pas à noter. Quand c'est non représenter, c'est une liaison avec un atome hydrogène.

Pour le cycle benzène, on a C6H6. Car on a 6 coins, non représentés, donc 6 atomes d'hydrogènes.

   Le moyen mnémotechnique c'est (correction : "CHONPS" et pas CHNOPS) pour se rappeler l'ordre hiérarchique d'écriture en chimie organique...

Il faut retenir en résumé ceci :

Le carbone peut faire 4 liaisons écrits par des traits, l'hydrogène fait 1 liaison, si on écrit rien après un H c'est une liaison hydrogène, l'azote fait 3 liaisons et pas 2 merci aux commentaires je suis fatigué lol. Le reste n'est pas important à retenir et je vais sûrement réécrire certains passages pour vulgariser mieux.

Merci à vous d'être arriver au bout de cette lecture je pense pas si facile à assimiler <3
Amicalement,

Références :
National Center for Biotechnology Information (2021). PubChem Compound Summary for CID 3016, Diazepam. Retrieved November 9, 2021 from https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/Diazepam.


Exercice simple :

On a ici de de l'acide gamma-amino-butyrique ou GHB (je corrige oublié l'oxybate de sodium), ça se note C4H8O3 ok c'est trouvable sur internet. Mais ma question c'est pourquoi C4 ou O3 ? Pourquoi pas d'abord H8C4O3 ?

Si vous avez réussi à suivre, et êtes aller au bout de la lecture (déjà je vous en remercie sincèrement), pouvez-vous me donner les raisons d'avoir écrit GHB comme ça ?

 

[Krix]

Chapitre 3 Quelles sont les indices qui permettent d'estimer sa puissance.​

C'est parti, maintenant comment savoir pourquoi une benzodiazépine est plus puissante qu'une autre ?

   Reprenons nos benzodiazépines en exemple (même si comme l'a dit très justement un membre toute à l'heure, ce terme est très vague et regroupe plein de molécules qui ne sont pas des benzodiazépines mais bon pour ce blog on va pas s'embêter avec tout ça).

Dans les chapitres précédents on a vu les cycles nécessaires pour appeler une benzo, une benzo. Sauf, comme pour celle-ci :

Analysons d'abord sans trop vulgarisé



On voit souvent un autre cycle benzénique, celui qui est en bas. Il démarre en R5, on dit en position 5 aussi.

Alors, on va compter les coins comme expliqué avant, et dans le sens des aiguilles d'une montre : pour le bromazépam ci-dessus, il y a une liaison -Br qui a été ajouté au cycle benzène à gauche. Si on compte, on sait que l'atome de brome est en position R7

Une substitution en 7 est la position la plus favorable pour augmenter l’activité :
(CF3 > NO2 > Br > Cl > OCH3 > R.)  ; si NO2 alors on favorise une action hypnotique  ; si on ajoute une liaison en 7 on favorise une action anxiolytique

Une substitution en position 1 : on augmente l'activité par alkylation.

Une position 2 en position 3 pardon ! : AVEC "-OH" on augmente la polarité s'il n'y a rien donc pas de subsitution en R2 on l'augmente aussi. On favorise la glucuronoconjugaison, bref en français ça veut dire que le corps éliminera plus vite

Pour notre cycle benzénique en R5 si on a une substitution en ortho comme -Cl ou -F alors on augmente l'activité (groupe attracteur d’électrons)


Vulgarisons



Alors, en rédigeant je me rends compte que certains trucs sont pas expliqués nécessaire à la compréhension, du coup j'ajoute quelques petits points là :

Pour savoir la position R1, il faut partir de la chaîne carbonée principale, la plus longue. Ici, dans nos cas, R1 commence sur le N tout au dessus (rappelez-vous 1,4-benzodiazépines).

En revanche, on repart de 1 pour le cycle benzène du bas. On note du coup en prime ou " R2' " etc.

Le diclazépam par exemple, à une liaison -Cl en R2'. On pourrait si on voulait remplacer par un autre cycle comme un noyau Cyclohexenyl (c'est le cas du tétrazépam) ou un cycle Pyridyl (c'est le cas de notre bromazépam sur l'image).

 

[Acacia]

Mais merde à la fin pourquoi tu te sens obligé d’ouvrir 3 putains de thread différents sur le même sujet quelle médaille tu recherches à la fin ?
Oui je suis un connard je suis de mauvaise humeur et à balle de valium tu nique la lisibilité du forum en permanence ça deviens relou et foutez moi des avertissements pour insultes j’en ai rien à foutre

 

[Biquette]

Yo. Bon déjà, j'ai fusionné les trois topics différents pour que ça prenne moins de place, et les ai déplacés hors de la section "fiche infos et tutos" qui est réservée aux contenus validés par la communauté.
Ensuite, concernant ton topic proprement dit : je saluerai toujours les tentatives de partage d'informations, mais là j'avoue que c'est assez mauvais. Les posts sont désorganisés, tu annonces que tu vas expliquer un truc puis tu ne l'expliques pas... A la limite seul le chapitre 2 explique à peu près correctement son objet, même si ça mériterait d'être mis au clair et de détailler un peu plus. Le chapitre 3 y a rien qui va, tu sors des explications de ton chapeau sans que ça aide le moins du monde à structurer un savoir sur le sujet.

De toutes manières on a déjà un bon topic sur la QSAR (auquel tu as répondu), tu aurais pu faire l'effort de te demander qu'est-ce que tu avais de nouveau à apporter. Indice : je pense qu'un topic comme ton chapitre 2 portant sur la nomenclature chimique manque vraiment au forum, mais il faudrait un vrai travail de clarification comme dit plus haut. Et un vrai travail tout court, bien vulgariser ça demande de bien maîtriser son sujet, ça prend du temps, ça ne se fait pas à la va-vite à 3h du matin...

Bref, je ne m'attends pas à ce que tu reçoives mes critiques autrement que par du déni, de toutes façons tes différentes interventions sur le forum laissent l'impression que tu cherches surtout une forme de validation. Malheureusement ça ne s'obtient pas avec des posts mal construits ou des réponses à la va-vite où on affirme savoir mieux que les autres sans la moindre humilité.

P.S: essaie d'utiliser les tags comme [tutos] ou [études] à bon escient, c'est à dire pour de vrais tutos (pas comme ton topic sur la coca) ou pour des comptes rendus d'études et pas pour dire "j'aborde de loin tel sujet".

 

[Krix]

Yo. Bon déjà, j'ai fusionné les trois topics différents pour que ça prenne moins de place, et les ai déplacés hors de la section "fiche infos et tutos" qui est réservée aux contenus validés par la communauté.
Ensuite, concernant ton topic proprement dit : je saluerai toujours les tentatives de partage d'informations, mais là j'avoue que c'est assez mauvais. Les posts sont désorganisés, tu annonces que tu vas expliquer un truc puis tu ne l'expliques pas... A la limite seul le chapitre 2 explique à peu près correctement son objet, même si ça mériterait d'être mis au clair et de détailler un peu plus. Le chapitre 3 y a rien qui va, tu sors des explications de ton chapeau sans que ça aide le moins du monde à structurer un savoir sur le sujet.

De toutes manières on a déjà un bon topic sur la QSAR (auquel tu as répondu), tu aurais pu faire l'effort de te demander qu'est-ce que tu avais de nouveau à apporter. Indice : je pense qu'un topic comme ton chapitre 2 portant sur la nomenclature chimique manque vraiment au forum, mais il faudrait un vrai travail de clarification comme dit plus haut. Et un vrai travail tout court, bien vulgariser ça demande de bien maîtriser son sujet, ça prend du temps, ça ne se fait pas à la va-vite à 3h du matin...

Bref, je ne m'attends pas à ce que tu reçoives mes critiques autrement que par du déni, de toutes façons tes différentes interventions sur le forum laissent l'impression que tu cherches surtout une forme de validation. Malheureusement ça ne s'obtient pas avec des posts mal construits ou des réponses à la va-vite où on affirme savoir mieux que les autres sans la moindre humilité.

P.S: essaie d'utiliser les tags comme [tutos] ou [études] à bon escient, c'est à dire pour de vrais tutos (pas comme ton topic sur la coca) ou pour des comptes rendus d'études et pas pour dire "j'aborde de loin tel sujet".

Je comptais rédiger au fur et à mesure, je ne pensais pas que ça offenserait de publier le thread alors qu'il n'est pas terminé. Je m'en excuse.

Je n'ai pas bien saisi le passage

Bref, je ne m'attends pas à ce que tu reçoives mes critiques autrement que par du déni, de toutes façons tes différentes interventions sur le forum laissent l'impression que tu cherches surtout une forme de validation. Malheureusement ça ne s'obtient pas avec des posts mal construits ou des réponses à la va-vite où on affirme savoir mieux que les autres sans la moindre humilité.

Je ne surenchérirai pas... je trouve quand même un peu triste de tacler gratuitement, m'enfin...

Amicalement,

 

[snap2]

Hello, ça peut se trouver dans des études scientifiques, et même parfois sur Wikipédia pour les composés connus.
Tu peux essayer de taper "nomduproduit pharmacodynamics ncbi" sur un moteur de recherche pour essayer de trouver l'info, ou "nomduproduit IC50 nomdurécepteur"